De même, elle accueille sur son territoire l’Université Sainte-Anne, la seule université francophone de la province. Depuis la fondation du canton de Clare en 1768, la communauté acadienne n’aurait jamais obtenu un tel résultat sans un peuplement initial homogène en français et une bonne représentation dans la législature provinciale. Elle doit aussi beaucoup à son premier prêtre résident, l’abbé français Jean-Mandé Sigogne, un missionnaire autoritaire et intransigeant, mais aussi généreux et dévoué, arrivé en juillet 1799 dans la région. 

Le père Sigogne a très vite constaté la dure réalité locale. Les Acadiens sont restés pauvres et illettrés, peu enclins à faire instruire leurs enfants à l’école. Convaincu qu’il faut lutter inlassablement contre l’illettrisme, le père Sigogne a alors créé, peu après son arrivée, une petite école à la Pointe-de-l’Église (Clare), où il a enseigné à quelques enfants le catéchisme, la lecture et l’écriture. Jusqu’à sa mort, en 1844, il n’a pas ménagé ses efforts pour que les jeunes Acadiens soient instruits en français. Le père Sigogne est considéré comme le précurseur du collège privé qui a précédé l’Université Sainte-Anne, fondé en 1890 par les pères eudistes à la Pointe-de-l’Église. Le contexte s’y prêtait à merveille. Au même moment, s’achevait en effet la troisième convention nationale des Acadiens, à la Pointe-de-l’Église, dans une ferveur propice à la création d’un collège de langue française à la Baie Sainte-Marie.

Au début, le Collège Sainte-Anne hésitait sur la stratégie à suivre, alors que les Eudistes avaient des difficultés à recruter des élèves acadiens de la Nouvelle-Écosse, car les familles acadiennes étaient pauvres. Après deux décennies de tâtonnement, un programme classique proche de celui des collèges du Québec a finalement été adopté, mais avec un enseignement bilingue. 

En juin 1971, le Collège Sainte-Anne est devenu une université laïque dont l’Acadien Louis-Roland Comeau, député au Parlement d’Ottawa, a été nommé premier président (futur recteur). Pour le nouveau recteur, l’université devait afficher clairement son identité particulière, bilingue à caractère français, au service de la communauté acadienne et francophone de la province. Sous son rectorat, le Centre acadien (centre d’archives) a été ouvert en 1972 et la bibliothèque Louis-R. Comeau en 1977. L’actuel programme d’immersion française langue seconde, où seul le français est permis, date également de 1972. L’Université Sainte-Anne a ensuite connu une expansion territoriale qui lui a donné sa physionomie actuelle.

En 1988, le gouvernement de la Nouvelle-Écosse a réorganisé l’enseignement supérieur collégial de la province (technique et professionnel) et créé le Collège de l’Acadie pour ajouter une composante française à son réseau collégial. Constitué de cinq centres de formation en Nouvelle-Écosse et d’un centre à l’Île-du-Prince-Édouard, le Collège de l’Acadie a adopté la formule de l’enseignement à distance. Il a accueilli ses premiers étudiants en 1992, puis fusionné avec l’Université Sainte-Anne en 2002. Depuis cette date, l’Université Sainte-Anne propose aussi des programmes collégiaux dans ses cinq campus régionaux, consolidant ainsi son ancrage dans les principales régions acadiennes et francophones de la province.